新鯖への移行が完了しました。
変わったことといったらスペックとApacheにSuEXECを導入したことです。
suEXEC導入についてはCGIのパーミッションを次のように変更するとファイルの所有者権限で実行され、セキュリティ的によろしくなるということです。
CGI（実行）ファイル 701
LOG（書き換え）ファイル 600 (HTMLや画像等直接公開するものは604)
CGIを置くディレクトリ・Lockディレクトリ等 701
※CGIファイルやディレクトリのパーミッションを777にすると動作しません。
HTMLや画像などは今まで通りのパーミッションで大丈夫です。
またユーザー用URLの変更については、URLが次のように変わります。
http://n-service.org/~ユーザ名/ → http://ユーザ名.n-service.org/
旧URLから新URLへRedirect（自動転送）するので今まで通りファイルへ直でもアクセスができます。
スペック...
OS RH9
CPU P4-2.8CG
Mem 512MB
HDD 120*2 RAID1